Как импортировать модели из BlockBench?

На данный момент такой возможности нет и не планируется. Дело в том, что в BDEngine вы создаете модели только из того, что есть в Minecraft, то есть, из блоков и предметов. В BlockBench вы создаете полностью пользовательские модели и поэтому BDEngine не в состоянии воспроизвести такие модели.

Можно ли сделать прозрачные пиксели в Player Head?

Да, но частично. Вы можете сделать прозрачные пиксели только на втором слое Player Head. Первый слой не поддерживает прозрачность. Так устроен Minecraft.